影片根据迪士尼乐园游玩项目“丛林巡航”改编，故事发生在野心家与探险家并起的上世纪初，勇敢无畏的女科学家莉莉 · 霍顿博士（艾米莉 · 布朗特饰）来到亚马逊寻找有治愈魔力的神树，并雇佣了玩世不恭的弗兰克船长（道恩 · 强森饰）开启探险。在这史诗般的冒险途中，看似不对盘的两人在茂密雨林中遭遇了无数的危险和超自然力量。但随着这棵神奇古树的秘密逐渐揭开，莉莉和弗兰克的命运，乃至整个人类的命运都岌岌可危。