西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国侵略其他星球，地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败。地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰，全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的征程。