在怪兽出现率首屈一指的日本——怪兽无情地蹂躏着这个国家，践踏人们的日常。曾经立志要成为防卫队员，而今从事怪兽专门清扫行业的主人公日比野卡夫卡在某一天因为受到谜之生物的影响，身体开始怪兽化。担任讨伐怪兽...

这是一个怪兽如日常般威胁人类的世界。日比野卡夫卡原本立志加入“日本防卫队”，却放弃梦想，在怪兽清扫公司工作。与他一同发誓“两人一起消灭所有怪兽”的发小亚白米娜已经成为第三部队队长大显身手，再加上遇到了想要加入防卫队的后辈市川莱诺，以此为契机，卡夫卡再次开始追逐梦想。