公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。

独裁国家统治者西亚古共和国将军卡路玛在国家解体之际准备前往日本政治避难，期间发表制造恐怖活动的声明。其麾下特工接连自杀，留下“傀儡师”黑客即将到来的讯息。公安九课调查此事，发现少佐也涉足其中。