哥斯拉掉入三原山后，日本过了5年平安的日子。自卫队为了以防万一，计划以哥斯拉的细胞制造“抗核细菌”(ANB)作为武器，并将被摧毁的超级武器“Super_X”改造为“Super X2”。此时，哥斯拉在三原山再次活动，引发关东地区地震不断。白神博士将女儿的细胞与玫瑰细胞结合的植物死亡后，加入ANB计划，并制造了不死植物碧奥兰蒂。然而，碧奥兰蒂在一次事件中被释放并巨大化。三原山爆炸后，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡其向东京移动，最终哥斯拉朝着碧奥兰蒂的所在地移动。