三云队B级等级战进位的态势在上位组的压制下戛然而止。为了晋级获得参加远征部队的资格，三云修不得不放弃过度依靠游真的战术。随着新队员的加入，新团队、新战术在B级等级战的碰撞中越发激烈。

三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲的熟人，并认识了三云修。修为了解近界民的真相，决定指引及监视人生路不熟的游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。

三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。