5岁的宗介生长在海边小城，他的家就在临海的悬崖上。一天，宗介捡到了一个被海浪冲上岸的废玻璃瓶，里面有条受困的小金鱼。小金鱼名叫波尼，她是人鱼女王的女儿，偷偷驾着水母溜出来玩，却被困在玻璃瓶里。宗介将波尼放了出来，但是波尼受伤了，宗介小心地照顾着波尼，还将她取名为“波妞”。波妞对善良的宗介产生了好感，她一心想要变成人类，和宗介在一起。于是，波妞不顾父亲藤本的反对，偷喝了生命之水，变成了一个小女孩。然而，波妞的行为引发了大海的愤怒，一场巨大的海啸即将来临 。