平静的东京湾发生海难，一只巨大的怪兽登陆城区。日本政府成立灾害部，研究发现怪兽是受到放射性污染而诞生出来的，命名为哥斯拉。灾害部尝试各种办法失败，最后决定对哥斯拉采取武装攻击。怪兽完成更恐怖的进化，东京面临毁灭，人类与怪兽的最终决战即将到来。