《碧蓝之海》第二季的故事承接第一季，讲述伊织完成冲绳潜水执照课程后返回伊豆，并收到妹妹的来信后展开的新篇章。潜水社的日常依然充满着搞笑和欢乐，酒精和派对是必不可少的元素，同时青春的恋情也若隐若现。

妹妹来袭、青梅女子大的学园祭、试胆大会、约会、无人岛露营！被可爱的全裸家伙们包围的伊织的大学生活再次开始！