1992年，一架飞碟突然出现在日本上空，三名来自23世纪的未来人乘坐时光机来到20世纪末的日本，目的是消灭尚未变成大怪兽的哥斯拉，以防止日本在下个世纪因哥斯拉而亡国。他们选择了寺泽健一郎(丰原功补饰)、真崎洋典(佐佐木胜彦饰)和三枝未希(小高惠美饰)乘坐时光机回到1944年的拉哥斯岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。然而，这一行动却意外导致了另一头怪兽——三头金龙王的出现，引发了一系列危机。