《神秘马戏团》剧情围绕着复杂扭曲的家庭关系展开。父亲让女儿躲在琴盒里看父母交媾，又让母亲看他和女儿交媾，引发母女间的嫉妒和仇恨，母亲杀死女儿后精神错乱，将自己想象成女儿，还截肢了丈夫，而死里逃生的女儿决定复仇。

下身瘫痪、擅长变态情欲题材的人气女作家三泽妙子（宮崎ますみ 饰）正在创作一部最新作品。这部小说的大概情节是：小学生美津子（桑名里瑛 饰）偶然撞见父母行房的场面，她随后被丧失人性的父亲尾泽刚三（大口広司 饰）强暴，父女俩上演了一出近亲相奸的不伦之事。美津子的母亲小百合（宮崎ますみ 饰）并未感到气愤，反而对女儿产生隐隐的妒嫉。三人的关系由此变得愈加混乱。